Събития Metal Shooter: Run и пистолет се случи в далечното бъдеще, когато човечеството има значителен скок в развитието, но продължава да води война помежду си. След орбита спътник е в състояние да определи странна активност на острова е смятан за необитаеми. Command реши да провери този факт, и изпратено до неговия най-опитен командос. От първите секунди след кацане, главният герой разбра, че целият район е пълно с роботи, които искат смъртта му. След тази среща, очакваме нещо добро от цялата тази армия не трябва да се вземе решение и характер разбере какво се случва, за да се намери този, който стои зад всичко това и веднага го унищожи, така че не се стигна до тук два пъти. Пред него в очакване на опасни врагове, уникални оръжия и много голям босове.