Играта е разработена в тайна лаборатория, разположена на дъното на океана. Тук, в усамотение живял един ексцентричен учен, опит и експерименти колеги го обвиняват. Неговата основна задача е да се създаде едно живо същество надарени с разум и години по-късно той го е направил. Но в същото време създателят изчезна при мистериозни обстоятелства, оставяйки Goo (това име е получил внуците му) и го чака да се пропусне. Hero уморени от обесване в колба-камера и да излезе от нея, той отиде на обиколка на комплекса, за да открие следи от липсващата приятел. Възможността да се избере степента на еластичност ще помогне да се преодолеят различни препятствия, за да се справят с врага и да проникнат до мястото, където обикновения човек или как да не се получи.